[И всё же он доехал быстрее], (1) (чем я думал), (2) (потому что, (3) (когда я спустился во двор (4) на скамейке под липой уже виднелась его тёмная фигура).

1) и 2) запятые выделяют придаточное предложение

2) запятая под номером 2 одновременно открывает следующую придаточную часть «потому что ...на скамейке под липой уже виднелась его тёмная фигура»
      3) и 4) запятые выделяют придаточное предложение «когда я спустился во двор, на скамейке под липой уже виднелась его тёмная фигура».